净化工程所说的无菌室，一般为4—5平方米、高2.5米的独立小房间（与外间阻隔），专辟于微生物试验室内，可以用板材和玻璃建造。无菌室外要设一个缓冲间，错开门向，避免气流带进杂菌。无菌室和缓冲间都须密闭、室内配备的换气设备须有空气过滤设备。在获得了无菌环境和无菌资料后，只要保持无菌状态，才能对某种特定的已知微生物进行研究。
无菌室作业流程
（1）无菌室灭菌。每次运用前敞开紫外线灯照射30min以上，或在运用前30min，对表里室用5%石炭酸喷雾。
（2）用番笕洗手后，把所需器件搬入外室；在外室换上已灭菌的作业服、作业帽和作业鞋，戴好口罩，然后用2%煤酚皂液将手浸洗2分钟。
（3）将各种需用物品搬进闺阁清点、就位，用5%石炭酸在作业台面上方和操作员站位空间喷雾，回来外室，5～10min后再进闺阁作业。
（4）接种操作前，用70%酒精棉球擦手；进行无菌操作时，动作要轻缓，尽量减少空气动摇和地上扬尘。
（5）作业中应注意安全。如遇棉塞着火，用手紧握或用湿布包裹停息，切勿用嘴吹，避免扩展焚烧；如遇有菌培育物散落或打碎有菌容器时，运用润泽5%石炭酸的抹布包裹后，并用润泽5%石炭酸的抹布擦洗台面或地上，用酒精棉球擦手后再继续操作。
（6）作业结束，立行将台面拾掇洁净，将不应在无菌室寄存的物品和废弃物悉数拿出无菌室后，对无菌室用5%石炭酸喷雾，或开紫外线灯照射30min。
